迎合比賽規定，外觀全新設計的EVO VI。
輪距加寬大幅提高轉向性能的EVO V，成功地贏得1998年WRC的車手、車隊雙料冠軍。但為了迎合1999年WRC空力套件之比賽規定而展開尺寸變更，於是在1999年1月22日，EVO VI正式問世。
1999年WRC新規定的內容是，空力套件必須納於車體之內，所以EVO VI除了傾全力消除前保桿和後尾翼的突出部外，並實現與EVO V同水準的冷卻效果與空力性能。車牌位置的修改、霧燈的小型化及獨具特色之半球狀的霧燈罩等而增大冷卻開口的面積，並多多少少地減少些風阻。至於雖然將後尾翼小型化，但可調式的雙翼片，確保了充足的下壓力。車輛的調效方向從動力轉移至耐久性升級基於EVO V以2L排氣量發揮最大馬力280匹、峰值扭力38kgm的驚人實力，此次變更目標鎖定於信譽性的升級。首先是活塞使用冷卻槽方式，此乃利用機油循環於活塞頂部，來冷卻活塞並提高耐爆震極限。不過，由於這種方式使油溫上升，故氣冷式機油冷卻器規格加大，增加23%左右的散熱量，同時採用從前保桿的進氣口引入冷卻空氣，並從側面排出熱氣的設計。再者，並改良冷卻水管路，增加循環水量，而大大地增進整個引擎的冷卻性。此外，油底殼形狀亦加以改良，以因應油溫的增高。
RS車型還採用世界最早之鈦、鋁合金渦輪。此曾經在WRC戰場上試煉過，由於十分輕巧，不但減少大約50%的回轉慣性力矩，同時改善引擎反應性。而在傳動系統方面，離合器因承受強大扭力而進一步升級，並將雙板式離合器列為RS車型的選用配備。這種雙板式離合器使用耐久性優異的超耐熱硬度合金材質，可耐傳動扭力達標準型離合器1.3倍以上。懸吊系統也施以改良EVO V著眼於抑制側傾的設定，但EVO VI則著重於上下彈跳的調效。為了達成此一目標，EVO VI變更懸掛幾何角度，降低防傾桿中心高度，增加輪胎接地性能。後方不單是傳統的鋁製懸樑而已，就連後搖臂、拖曳臂、傳動軸等全部改為鍛造鋁材，以實現輕量暨高剛性的目標。車體補強作業亦是EVO歷來最嚴謹的，前後車窗周邊以及後行李箱周邊約增加了130點的焊接點，引擎室內的鋼板厚度亦加厚，並在接合處使用工業膠水再次補強，使得車體的剛性有更長足的進步。與EVO V之GSR車種一樣，Brembo煞車系統列為標準配備，並改良卡鉗形狀來增進剛性。輪胎方面，GSR：225/45ZR17、RS：205/60R15規格均為標準設定。隨著Makinen奪下四連霸的車手冠軍，LANCER EVOLUTION的聲譽如日中天，限量7000輛的EVO VI早已銷售一空，在年底的東京車展中曾展出EVO VI的Makinen紀念版--EVO VI.5，並將於2000年正式販售。
‧車牌設置於側面主要在於提升冷卻性能而非美觀效果，為了迎合比賽規定的車頭造型顯得格外保守，但冷卻性能遠在EVO V以上。
‧為期符合賽車規格而縮減車輛空力套件寬度，但又要確保空力性能，於是後尾翼採用雙翼片的設計來增加下壓力。
‧內裝格局幾乎沒變，最大的變更點在儀錶板改為藍底白字的設計。
‧座椅與上一代一樣，差異在於顏色的更換。
車名：MITSUBISHI E-CP9A
車種：EvolutionⅥ GSR
EvolutionⅥ生產數量：7000台
上市日期：1999年1月
引擎型號：4G63
缸徑×衝程：85.0×88.0
排器量：1997
壓縮比：8.8
最大馬力：280ps/6500rpm
最大扭力：38.0kgm/3000rpm
驅動方式：4WD
變速箱：5MT
1檔：2.785
2檔：1.950
3檔：1.407 1.444
4檔：1.031 1.096
5檔：0.761 0.825
倒檔：3.416
最後減速比：4.529 4.875 4.529
全長(mm)：4350
全幅(mm)：1770
全高(mm)：1395
軸距(mm)：2510
前輪距(mm)：1495
後輪距(mm)：1490
最低地上高(mm)：150
車輛重量(kg)：1360 1260
最小迴轉半徑(m)：5.5
輪胎尺寸：225/45ZR17 205/60R15
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